Когда СА получает запрос продавца, он дешифрует цифровой конверт и извлекает оттуда симметричный ключ, который служит для дешифрации запроса. СА использует ключ, содержащийся в сообщении-запросе, для проверки цифровой подписи (проверка того, что сообщение подписано соответствующим секретным ключом). Если с подписью все в порядке, обработка запроса продолжается, в противном случае прерывается и посылается соответствующее уведомление продавцу.
После этого СА проверяет информацию регистрационного запроса, используя известные данные о продавце. Для этого производится обмен между СА и банком продавца (получателем). После успешной верификации этих данных СА формирует и цифровым образом подписывает сертификат продавца. Время действия сертификата определяется политикой СА. Но это время не должно быть больше длительности контракта между продавцом и его банком. Сертификат шифруется сгенерированным новым симметричным ключом, который в свою очередь шифруется общедоступным ключом продавца. Полученный код образует цифровой конверт отклика. Сообщение-отклик посылается продавцу.
Когда программа продавца получает отклик от СА, она дешифрует цифровой конверт и получает симметричный ключ для дешифрования регистрационного отклика, содержащего сертификат продавца.
SET может работать в режиме, когда участники не имеют сертификатов и не прошли аутентификацию. Такой режим сопоставим с использованием SSL для пересылки номера карточки продавцу, и не может рассматриваться как удовлетворительный.